Mørkhøj kan ligesom de øvrige landsbyer i Gladsaxe Kommune spores tilbage til middelalderen. Omkring 1180 forærede Valdemar den Store Mørkhøjgård og Bag- sværdgård til biskop Absalon i Roskilde. 

I 1186 overgik de til bispedømmet og pave Urban den 3's takkeskrivelse eksiste- rer stadig. Dette er første gang, Mørkhøj optræder i de skriftlige kilder, og det varer længe inden det sker igen.

Før udskiftningen var gårdene i Mørkhøj ligesom i alle andre landsbyer samlet i en klump midt i byen. Markerne gik som strålerne i en stjerne ud fra landsbyens cen- trum, og hver bonde havde en lod på alle markerne. Dette system sikrede størst mulig retfærdighed - alle bønder fik en bid af både den fede og den magre jord. 

Da jorderne var spredt, var det nødvendigt, at alle lodsejere i enighed traf beslutnin- ger om, hvornår der skulle sås og høstes. Det var oldermanden, der stod i spidsen for bylavet og sikrede, at disse fælles beslutninger blev truffet.

Omkring udskiftningen lå der i Mørkhøj 10 gårde og 18 huse. Mørkhøj var ligesom resten af sognet, blevet lagt ind under Københavns Rytterdistrikt i 1718. Det betød, at landsbyen skulle være med til at finansiere og bespise soldaterne, der hørte til Københavns befæstning. 

Kongen ejede som hovedregel alle landsbyer incl. bygninger, men i Mørkhøj ejede Kongen i 1719 kun én af gårdene. Resten tilhørte formentlig kirken. Sådan havde det ikke altid været for i 1650 ejede kongen hele 6 gårde i Mørkhøj.

Indbyggerne i Mørkhøj hørte fra 1100-tallet til Gladsaxe kirke. Som nævnt i forbind- else med indledningen til Gladsaxe landsby havde præsten en del administrative pligter. Efter 1708 havde han pligt til at sikre forsørgelse af de fattige i hele sognet - men så sandelig kun de fattige, der var “forsørgelsesberettigede”.

Man var berettiget til fattighjælp i et sogn, når man havde opholdt sig 1 år i sognet. Fattighjælpen blev som regel ydet af sognets gårdmænd ved, at de fattige “gik på omgang”. Præsten udarbejdede en fortegnelse over, hvem der skulle bespise hvil- ket fattiglem hvornår. 

Da gårdmændene gerne ville spare denne udgift, blev de fattige ofte “skubbet” fra sogn til sogn. Kort inden de havde opholdt sig 1 år i et sogn, forsøgte gårdmænd- ene at sende dem videre. 

Det var derfor en stor fordel for de dårligst stillede, at kontakten mellem Mørkhøj og Gladsaxe var så tæt. Jo større kendskab præsten havde til de enkelte husmænds, daglejeres og tyendes sociale og økonomiske forhold, jo bedre kendte han årsagen til de enkeltes nød.

At forbindelserne mellem Mørkhøj og Gladsaxe var tætte kan man f.eks. se i 1919, da Gladsaxe præstegård brændte. Den midlertidige præstebolig kom til at ligge i Mørkhøj. Pastor Hatting slog sig ned i Annexgård indtil den nye præstegård var indflytningsklar. Først i 1960 blev kirken i Mørkhøj indviet.

Efter 1892, da de gamle i sognet kunne søge om alderdomsunderstøttelse, søgte kommunerne at undslå sig med begrundelser som f.eks., at ansøgeren var drikfæl- dig. Også her var det præsten eller degnen, der hjalp de gamle med at udfylde an- søgningsskemaet og skrev en “anbefaling”, der viste, at ansøgeren ikke selv var år- sag til sin fattigdom.

En anden af præstens verdslige opgaver var tilsynet med undervisningen. Børnene i Mørkhøj hørte indtil 1922, hvor Gladsaxe skole stod færdig, til Gladsaxe Rytterskole. Skolen blev mere og mere utidssvarende og klaustrofobisk. 

Inden Gladsaxe skole stod færdig, måtte Rytterskolens enlige klasseværelse sup- pleres med et lånt lokale hos cykelsmeden, hvis hus lå der, hvor nu Stengårds Allé munder ud i Gladsaxe Møllevej og endnu et lokale i præstegården. Mørkhøj fik først sin egen skole i 1956.

Udskiftningen
I Mørkhøj henvendte 8 bønder sig den 6. august 1769 til regimentsskriver Dahl for at få deres jorder udskiftet i henhold til Forordningen af 28. juli 1769, dvs. kun 10 dage efter den var givet! Den korte afstand til hovedstaden gjorde det nemt for bønderne i det københavnske rytterdistrikt at holde sig informeret. 

Samtidig er det indlysende, at Mørkhøjs beliggenheden i forhold til Bernstorffs god- ser i Gentofte gjorde, at bønderne allerede før forordningen kendte til muligheden for at udskifte jorden og opløse landsbyfællesskabet.

Som Jørgen Dieckmann Rasmussen påpeger, søgte bønderne i Mørkhøj ikke blot om udskiftning af drifttekniske grunde, men også fordi de opfattede Forordningen som kongens vilje, som burde efterkommes. I ansøgningen begrunder de ønsket om udskiftning således: “Siden det er Hans Majestæts Vilje og Befaling af sidstudgan- ge ... Forordning om Fællesskabets ophævelse ...”

De 8 bønder ønskede udskiftningen gennemført, så ingen lodsejer fik sin jord samlet på ét sted. Tilsvarende skulle engarealerne uddeles med flere lodder til hver mand. Sandsynligvis er den autoritetstro ansøgning udtryk for de mindre gårdejeres usikkerhed og utryghed ved at opgive landsbyfællesskabet.

Ejeren af Enghavegård, der var én af de største gårde i Mørkhøj, ville imidlertid ikke udskiftes, med mindre han fik sin jord samlet på ét sted. Allerede i slutningen af august 1769 ansøgte samtlige bønder om at blive udskiftet, så de fik samlet deres jord på ét sted. 

Udskiftningen var først en realitet i 1772, men det var ikke uenighed mellem sogne- foged Mads Pedersen, Enghavegård, og de øvrige bønder, der fik udskiftningen i Mørkhøj til at vare i 3 år, men derimod manglen på landmålere og landinspektører.

Da udskiftningen var en realitet blev Lillegård, Pilegård, Torvegård og Kildegård flyttet ud på markerne, mens de sidste 6 gårde forblev i landsbyen.

Mørkhøjs udvikling efter udskiftningen
Mørkhøj lå langt fra en hovedfærdselsåre. Vejene var i det hele taget af en ringe beskaffenhed, hvilket betød, at Mørkhøj i 1800-tallet kun havde ringe kontakt med omverdenen. 

Landsbyen var i høj grad selvforsynende, og der var derfor ikke behov for lokale handlende som f.eks. i Bagsværd. På grund af den manglende infrastruktur skete der ikke en egentlig byudvikling i Mørkhøj, og det eneste eksempel på samhandel med omverdenen er mælkeforpagteren i Mørkhøj.

Mørkhøjs samlingspunkt var gadekæret, omkring hvilket mange af husmandssted- erne lå. I gammel tid var det her smeden boede, og mælkeforpagterens hus lå. Ga- dekæret blev sløjfet først i 1950’erne, da man omlagde Mørkhøjvej. I dag ligger hu- set på Mørkhøj Bygade 2 nøjagtigt ovenpå det tidligere gadekær.

De fleste gårde blev drevet som landbrug, men f.eks. var ejerne af Mørkhøjgård ty- pisk mænd udenfor bondestanden, der ansatte forpagtere til at drive gården, men i øvrigt selv havde borgerlige erhverv. Der var et par klædehandlere iblandt Mørkhøj- gårds ejere, hvoraf Anders Andersen Kierkegaard var den mest kendte. 

Han købte en mindre grund til Mørkhøjgård, hvorpå han opførte en klædesfabrik, der blev kaldt Enigheden. Fabrikken blev opført i 1809 og forsvandt igen i 1830’erne. Fabrikken satte sig spor langt frem i tiden i Mørkhøj, fordi den var årsag til at en vej blev benævnt Fabrikvej. Vejen hed Fabrikvej indtil 1909, hvorefter den blev en del af Gladsaxevej.

Gårdene i Mørkhøj var i begyndelsen af 1800-tallet bygget i blandingstømmer, bindingsværk og med stråtag. Gentagne brande viste, at betegnelsen “farlig” om byggestilen bestemt ikke var overdrevet. I midten af 1850’erne blev de fleste gårde genopført som grundmurede bygninger, men stadig med stråtag.

Det var meget usædvanligt at opføre stuehuset på en gård med tegltag og først, 
da tagpap blev kendt i begyndelsen af 1900-tallet, havde man mulighed for også 
at ændre tagbelægningen til et mindre brandfarligt materiale. Indtil begyndelsen 
af 1900 var gårdene i Mørkhøj firlængede ganske som i resten af Gladsaxe Kom- mune.

Da Slangerupbanens linieføring blev planlagt, tog bestyrelsen i særlig grad hensyn til, hvor grusgravene og gartnerierne lå. Men gartnerierne i Mørkhøj blev anlagt så sent, at det ikke var muligt at ændre linieføringen. Pilegårds jord blev udstykket i slutningen af 1890’erne. 

De ældste og mest kendte gartnerier var Ove Mohrs gartneri: Sølyst og Kraghs gartneri på Mørkhøjvej. Begge gartnerier blev oprettet i 1903. Mange af gårdene blev først efter 1. Verdenskrig udstykket til gartnerier. Da det således var besværligt at afsætte gartneriprodukter til det københavnske marked, skete der først en vækst i antallet af gartnerier, da bilerne blev mere almindelige som transportmidler.

Trods hovedstadens befolkningsvækst var Mørkhøj ikke et attraktivt område for til- flyttere. I første halvdel af 1930’erne tog udstykningerne dog fart. Det var koloniha- vehuse, der prægede de første bebyggelser, fordi depressionen og den afsides beliggenhed gjorde det umuligt at afsætte grundene til selvbyggere.

I årenes løb kom der dog flere og flere selvbyggere og dermed fulgte villaer til helårsbeboelse. Mørkhøjs villa- og beboelseskvarter udgør i dag ca. halvdelen af Mørkhøj bys areal. 

Den resterende del af arealet dækkes af erhvervskvarteret. Gladsaxe industrikvarter var fuldt udbygget i slutningen af 1950’erne, og derfor besluttede kommunen i 1961, at Mørkhøjgårds jorder samt dele af Grønnegårds jorder blev inddraget til erhverv. 

I Gladsaxe industrikvarter indgik jorderne fra Kildegård i Mørkhøj. Kildegård blev udstykket fra 1937 til 1947. Hele den ældste Mørkhøj bykerne blev ligeledes ind- draget i Gladsaxe industrikvarter og er helt forsvundet med tiden.